软件版权侵权纠纷的起诉流程如下：
准备起诉材料
起诉状：详细列出原告和被告的基本信息，诉讼请求，以及事情的原委。
证据材料：包括版权登记证书、开发文档、源代码、侵权行为的证据（如软件使用日志、销售数据、市场宣传材料等）。
确定管辖法院
通常应向侵权行为发生地或被告住所地的法院提起诉讼。
提交起诉材料
带上起诉状和证据材料到具有管辖权的人民法院立案庭要求立案。
立案后，法院会给被告送达起诉状，给原告送达举证通知。
参与诉讼活动
按照人民法院的通知准时出席参与诉讼活动。
上诉
若不服一审判决或裁定，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向原审人民法院或上一级人民法院提出上诉，并递交上诉状。
建议
尽早收集证据：版权纠纷中，证据的收集至关重要，越早收集越有利于维权。
选择专业律师：建议聘请专业的知识产权律师，他们能够提供专业的法律建议并协助准备和提交诉讼材料。
注意诉讼时效：起诉版权侵权时，要注意相关的诉讼时效，确保在法定时间内提起诉讼。
通过以上步骤，可以有效地维护自己的软件版权。