软件企业证书的申请流程大致如下：
明确认定标准
企业需要符合在我国境内依法设立、以计算机软件开发生产、系统集成、应用服务和其他技术服务为其主要业务和收入来源、具有一种以上由本企业开发或由本企业拥有知识产权的软件产品等条件。
网上申报
企业需要在相关部门官方网站进行网上申报，填写相关信息并上传准备好的证明材料。
需要在软件行业协会的网站上进行用户名注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息，并进行审核。
提交纸质材料
完成网上申报后，将纸质申请材料递交至相关部门指定的受理窗口。
提交的材料包括软件企业认定申请表、上一年度财务报表、企业法人营业执照副本复印件、软件产品证明材料、系统集成企业资质等级证明材料、企业人员名单、科研开发成本明细帐、软件销售发票复印件等。
形式审查与专家评审
相关部门会对申请材料进行形式审查，审查通过后，申请将进入专家评审环节。
评审专家将对企业的认定条件、技术能力、知识产权等方面进行评估，并形成评审意见。
公示与发证
评审结束后，相关部门会公示认定结果，如公示无异议，则颁发软件企业认定证书。
企业可在公示结束后前往相关部门领取证书。
建议企业及时关注相关部门的最新动态和具体要求，并严格按照流程准备和提交材料，以确保申请过程顺利。