软件企业证书的申报流程如下：
注册
企业需要在软件行业协会的网站上进行注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息。
注册审核
提交注册信息后，软件行业协会将在1-2天内进行审核，审核通过后，企业可以进行下一步的申报工作。
填报软件企业认定申请表
注册审核通过后，企业需要在网上填报软件企业认定申请表，并上传相关模板表格，如软件收入清单和大专人员名单等。
等待审核
软件行业协会将在2-3天内对申报材料进行审核，审核通过后，企业需要预约提交纸质材料。
预约交材料
企业在预约的时间递交纸质材料，审查人员审核通过后，将发放受理通知单，企业可以在通知单上注明的时间网上查看，材料审核通过后即可领取软件企业证书。
初审通过，等待发证
如在预约的时间递交材料后，审查人员审核通过，则发放受理通知单，企业可以在通知单上注明的时间网上查看，如上报通过，则可以领取软件企业证书。
建议企业在申报过程中，确保所有信息的准确无误，并按照要求及时提交所有必要的材料，以避免审核延误。同时，企业可以关注相关官方网站的公告，获取最新的申报指南和更新信息。