物流软件的费用计算方式通常有以下几种：
按照重量计费：
这是最传统的计费方式，根据货物的毛重（实际重量）来计算运输费用，前提是货物的体积在规定范围内。
按照体积计费：
对于体积较大的货物，这种计费方式按照货物的体积（长×宽×高）来计算费用，同样要求货物的质量在规定范围内。
按照选择计费：
有些物流软件提供多种计费方式供用户选择，用户可以根据自己的需求选择最合适的计费方法。
综合质量和体积计费：
这种方式综合考虑了货物的质量和体积两个因素来计算费用。
按照件数计费：
对于一些标准化、小件数的货物，可能会按照件数来计费。
按照议定计费：
有些情况下，费用会根据双方协商的结果来确定，这通常适用于一些特殊的物流需求或合作关系。
此外，对于特定的物流服务，如空运和海运，费用计算方式也有所不同：
空运：费用通常按照实际重量和体积重量中的较大者来计算。体积重量的计算公式为：体积重量（KG）=货物体积（CBM）/ 0.006 或 体积重量（KG）=长（CM）×宽（CM）×高（CM）/ 6000。
海运：费用计算公式为：运费=运价×运费吨=基本运费率×（1+附加费之和）×货运量。
尾程派送费：例如亚马逊FBA的派送费用，通常是按件收取，费用取决于商品的尺寸和重量。
在选择物流软件时，企业可以根据自身的业务需求和预算，选择最适合自己的计费方式和软件服务。一些物流软件还支持用户自定义计费规则，以适应更复杂的业务场景。