软件企业合理避税的方法主要包括以下几点：
增值税税务筹划
获得软件企业资格，享受软件产品税收优惠待遇。
软件产品和硬件产品收入分开计算，享受嵌入式软件产品税收优惠待遇。
公司所得税税务筹划
使用研发费用加计扣除政策，享受税收优惠。
申请相关资格以节省税款。
在税收洼地注册个人独资企业
在税收洼地注册个人独资企业，享受税收优惠，不需要缴纳企业所得税。
个人所得税进行核定征收，解决成本问题。
合理提高员工福利
通过提供员工福利待遇的方式，计入成本，进而摊销利润，达到节税目的。
员工福利包括医疗保险、教育基金、失业保险金等，需要在计税工资的范畴内。
申请双软认证和高新技术企业认证
获得双软企业和高新技术企业的认证，享受企业所得税的优惠税率。
优化公司结构和业务安排
通过合理的组织架构设计，如设立子公司和分公司，利用地区间的税率差异进行避税。
合理安排企业的业务结构，使得企业的经营活动能够最大限度地享受税收优惠。
利用离岸公司
通过设立离岸公司，利用国际税收差异进行避税。
税务咨询和审计服务
聘请专业的税务咨询师和审计师进行税务咨询和审计服务，帮助企业识别潜在的税务风险，并提供合理的避税策略。
合同管理和发票管理
加强合同管理，确保合同条款与税收政策相符。
规范发票管理，避免税务风险。
利用税收抵免
合理利用国家提供的税收抵免政策，进一步降低税负。
建议
软件企业在进行合理避税时，应确保所有避税行为符合国家的法律法规，避免因避税行为不规范而陷入高风险境地。同时，建议企业加强与专业税务顾问的合作，及时了解和更新税收政策，确保避税策略的有效性和合法性。