我国软件著作权在中国 版权保护中心进行申请和登记。具体办理部门为中国版权保护中心软件登记部，负责办理计算机软件著作权质权登记工作。
申请人可以通过以下方式提交申请材料：
现场办理：
到中国版权保护中心的登记大厅现场办理。
邮寄方式：
通过挂号信函或特快专递邮寄到中国版权保护中心软件登记部。
在申请过程中，申请人需登录中国版权保护中心网站，注册账号并填写软件著作权申请表，提交相关材料并缴纳相应的申请费用。审核通过后，申请人将获得国家版权局颁发的《软件著作权登记证书》，该证书具有法律效力。
建议申请人提前了解并准备好所有必要的申请材料，以确保登记过程顺利进行。