申请软件著作权变更的流程如下：
填写申请表
在线填写并打印变更或补充申请表。
确保所有信息准确无误，申请人签章应为原件，并与申请人名称一致。
提交申请文件
提交以下材料：
变更或补充登记申请表。
原登记证书或证明的复印件，并加盖公章。
申请人身份证明：
自然人：提交身份证正反两面复印件。
法人：提交企业法人登记证书或事业法人代码证书的复印件，并加盖单位公章。
变更证明文件：
软件名称变更：提交《软件名称变更说明》。
自然人姓名变更：提交公安机关出具的证明原件。
法人名称变更：出具注册机关出具的名称变更证明原件。
缴纳申请费
按照登记机构的要求缴纳申请费。
登记机构受理申请
提交完整的申请文件后，登记机构会受理申请，并发出受理通知书及缴费票据。
补正申请文件（非必须程序）
如果申请文件存在缺陷，申请人或代理人应在规定期限内补正。
取得证明
申请受理之日起10个工作日后，申请人或代理人可查阅软件登记事项变更或补充登记公告，并获得相关证明。
注意事项：
所有材料在提交纸质档时，不能手写，必须A4纸单面黑白打印。
所有材料无需装订。
申请表中的“主要功能和技术特点”一页不需填写。
软件转让前未进行登记还须提供源代码和说明书，申请表中的“主要功能和技术特点”也须填写。
变更登记申请所需时间：
一般需要40个工作日。
办理方式：
可以到登记大厅现场办理，也可使用挂号信函或特快专递邮寄到中国软件著作权登记部。
建议提前进行软件登记概况查询，以确保申请过程的顺利进行。