申请软件著作权代理的流程如下：
选择合适的代理机构
考虑代理机构的资质、经验、信誉和服务质量。
可以通过互联网搜索、咨询朋友或同行等方式获取相关信息。
准备申请材料
需要提交一系列的材料，包括源代码、用户手册、设计文档等。
填写相关的申请表格，提供申请人的基本信息和软件的详细信息。
提交申请
将准备好的申请材料提交给中国版权保护中心或者地方版权局。
代理机构会协助完成这一步骤，包括填写申请表格、缴纳申请费用等。
审核与受理
版权保护中心或者地方版权局会对申请材料进行审核，确认软件的独创性和可版权性。
如果申请材料符合要求，将会被受理并进入审查阶段。
审查与授权
在审查阶段，版权保护中心或者地方版权局会对软件的独创性进行深入的审查。
如果软件符合著作权法的相关规定，将会被授予软件著作权证书。
领取证书和维护权利
获得软件著作权证书后，需要注意维护自己的权益，包括对侵权行为进行打击、对侵权证据进行收集和保存等。
同时，还需要定期对软件进行更新和维护，以确保其安全性和稳定性。
建议
选择正规代理机构：确保选择有资质和良好信誉的代理机构，以减少申请过程中的风险。
准备充分：确保提交的所有材料完整、准确、清晰，以提高申请成功率。
及时跟进：在申请过程中，保持与代理机构的沟通，及时跟进审核进度，确保按时领取证书。