软件企业证书的查询可以通过以下途径进行：
政府官方网站
国家企业信用信息公示系统：提供企业基本信息、经营范围、注册资本和资质等级等查询。
住房和城乡建设部官网：提供建筑企业资质等级查询。
中国建筑业协会官网：提供建筑人才库和资质证书查询。
全国认证认可信息公共服务平台：提供ISO体系认证、CCRC信息安全服务资质等查询。
行业协会或组织官网
特定行业的资质证书可能在其行业协会或组织的官网上进行查询。
第三方查询平台
企查查、天眼查等商业查询平台：提供企业资质证书查询服务。
专业网站查询
一些专业网站也提供企业资质证书查询服务。
银行查询
部分银行提供企业资质证书查询服务。
移动应用查询
如“深i企”小程序或App，提供专精特新企业资质证书查询。
建议您根据具体需求和方便性，选择上述相应的途径进行查询。如果需要查询特定的软件企业证书，建议优先使用政府官方网站或官方认可的第三方平台，以确保查询结果的权威性和准确性。