在软件中设置甲供费，可按照如下步骤操作：
在计价程序中设置
在计价程序里面，最底下插入两行。
在倒数第二行里写“甲供材料费”，取费基数里选择“JGCLF”。
在倒数第一行，写“工程总造价”，取费基数里写“F28-F29”（以土建为例子）。
把倒数第一行的是否合计行钩上。
在供货方式中设置甲供
在供货方式中设置甲供。
所有分部分项工程，正常输入，按正常计算费用。
最后在费用汇总表中，税金后面，增加一行，退回甲方的材料款即可。
在总造价中扣除甲供费
在人材机汇总界面设置供货方式后，费用汇总界面工程造价的计算基数中双击，点开三个小点，选择甲供的代码双击上去，然后把加号改为减号。
在综合单价中扣除甲供费
在分部分项界面，工具栏“单价构成”材料一栏计算基数中双击，点开三个小点，选择甲供的代码双击上去，然后把加号改为减号。
在税金的计算基数里减去甲供材的代码
在税金的计算基数里减去甲供材的代码。
请根据您使用的具体软件版本和界面，选择适合的方法进行设置。如果以上方法不适用，建议查阅软件的用户手册或联系软件的技术支持获取帮助。