创业孵化基地虽然为创业者提供了许多便利和资源，但也存在一些潜在的坏处，具体包括：
缺乏磨炼：
创业孵化基地为初创企业提供了相对舒适的环境，避免了直面各种困难和挑战。这可能导致企业在脱离孵化器后，面对一些小型困难时感到无所适从，甚至可能因此失败。
阻碍企业体制发展：
孵化器通常会对入孵企业的管理进行严格监控，频繁与企业创始人沟通，甚至插手企业管理问题。这可能会分散企业创始人的精力，使他们无法专注于产品研发和企业内部体制建设，从而阻碍企业的发展。
标准化程度不够：
一些创业孵化基地的标准化程度不够，导致评估和标准化工作困难。这可能会影响创业效率和创业热情，尤其是在提供专业化服务方面。
资源抢夺：
由于孵化基地资源有限，多数新创业者难以入驻，导致资源抢夺现象严重。这可能会影响创业企业的成长和发展。
缺少商业环境：
孵化基地往往处于政府保护之下，部分企业未能受到激励和鼓励，影响创业的商业环境和经营发展。
投入大于产出：
孵化基地需要投入大量资金来收取入驻企业的违约金，使得这种创业模式难以自负盈亏，产出远不及投入。
政策依赖性强：
一些孵化基地的运营主要依赖政府性支持或学校经费支持，一旦政府或学校断粮，这些基地将面临持续经营的压力和风险。
运营方专业水平参差不齐：
许多孵化器的运营方对行业了解不足，专业水平有限，无法提供有效的融资及企业管理服务。这可能会让一些创业者对孵化器产生不良印象。
综上所述，创业孵化基地虽然有很多优势，但创业者也需要注意其潜在的坏处，并做好相应的应对准备。在选择孵化基地时，应综合考虑其资源、服务、管理等多方面因素，以确保能够充分利用其优势，同时避免可能的弊端。