软件版权在中国版权保护中心进行登记。具体流程如下：
注册并填写申请表：
首先，需要在中国版权保护中心的网站上注册一个新用户名，并在线填写软件著作权申请表。填写完成后，系统会生成一个受理号，申请人需要将申请表打印出来，并在申请人处加盖公章。
准备并提交书面材料：
除了在线填写的申请表外，还需要准备以下书面材料，并一并提交给中国版权保护中心：
软件的鉴别材料（包括源代码和文档的打印件，每页不少于30行）。
申请人的主体资格证明资料（如营业执照复印件并加盖公章）。
其他相关证明文件（如著作权归属书面合同、项目任务书、原著作权人的许可证明、权利继承或受让的证明等）。
缴纳费用：
在申请文件符合受理要求并缴纳申请费后，登记机构会在规定期限内受理申请，并向申请人或代理人发出受理通知书及缴费票据。
领取软件著作权登记证书：
完成上述步骤后，等待登记机构发放软件著作权登记证书。
建议在申请过程中，确保所有提交的材料真实、完整、有效，并按照中国版权保护中心的要求进行操作，以确保申请顺利进行。