豆腐的制作主要依赖于 传统发酵技术，其中涉及多种微生物的协同作用，包括酵母、曲霉和毛霉等，但以毛霉为主。毛霉能够产生蛋白酶和脂肪酶，这些酶将豆腐中的蛋白质和脂肪分解成小分子，从而赋予豆腐独特的风味和质地。发酵过程通常在15~18℃的温度下进行，这个温度条件不利于细菌、酵母菌和曲霉的生长，却适宜毛霉的生长。
在制作过程中，豆腐首先被加工成富含蛋白质的胶体，类似于豆浆，然后加入盐卤或石膏使其凝固成固体形态。这一过程不涉及微生物发酵，但在后续的发酵步骤中，会利用之前发酵过程中产生的微生物或直接接种微生物进行发酵。例如，可以通过接种益生菌或乳酸菌来促进豆腐的凝固，或者利用自然接种的毛霉进行前期发酵，为后续的腌制和装坛发酵创造条件。
此外，发酵豆腐还可以通过特定的发酵剂或发酵曲来加速发酵过程，从而在较短时间内达到理想的发酵效果。这些方法都是传统发酵技术的应用，旨在通过微生物的作用改善豆腐的口感、风味和保存能力。