诬告调查程序主要包括以下几个步骤：
接受报案、控告、举报和自首的材料
公安机关、人民检察院或者人民法院接受有关诬告行为的报案、控告、举报和自首的材料。
核对并决定是否立案
对已经接受的材料进行核对，符合立案条件的给予立案，不符合立案条件的，不予立案，并说明理由。
展开侦查
公安机关对已经立案的刑事案件进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。
人民检察院在立案后，对犯罪嫌疑人依法采取拘留或逮捕等强制措施，并通过询问犯罪嫌疑人等方式依法收集相关证据，最后侦查终结后，作出是否起诉的决定。
审查起诉
人民检察院审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见，并作出是否起诉的决定。
开庭审理
法院开庭审理，进行法庭调查和法庭辩论。法庭调查阶段的举证、质证是专业性很强的诉讼行为，辩论阶段是充分阐述支持自己主张的事实理由和法律依据的时候。
判决
开完庭后，法院作出判决。当事人在拿到判决书后，如不服判决要及时上诉启动二审程序，否则一审判决生效。
执行
一审判决生效后，双方争议的问题要按照判决履行。
建议：
如果认为对方提起的民事诉讼属于诬告，可以选择反诉，并到人民法院提起民事诉讼，提供详实的法律依据和事实证据。
诬告陷害罪属于公诉案件，公安机关接到报案后，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，进行立案并进行侦查，收集、调取证据并进行核实，提交给检察院，最终由检察院向人民法院提起公诉。