金山毒霸主要会修改或影响以下程序或系统文件：
系统修复引擎：
金山毒霸2011 sp3首次在杀毒软件中加入了系统修复引擎，该引擎能够恢复被病毒木马破坏的系统文件和部分应用程序。
浏览器首页：
针对绑架型木马，金山毒霸会将其浏览器首页恢复为默认值。
桌面恶意图标：
金山毒霸能够删除被绑架型木马添加的桌面恶意图标。
桌面快捷方式：
同样，被绑架型木马篡改的桌面快捷方式也会被金山毒霸恢复为默认设置。
浏览器收藏夹：
被病毒木马破坏的浏览器收藏夹也会被金山毒霸修复。
系统配置：
金山毒霸能够修复被木马破坏的系统配置，例如系统文件被篡改或删除的情况。
主板BIOS芯片：
在最新的鬼影病毒变种中，金山毒霸能够清除改写特定型号主板BIOS芯片的病毒，从而保护硬盘主引导记录（MBR）。
风险程序：
金山毒霸会定义并清除一些风险程序，例如广告软件、IE插件、黑客工具等。
主程序文件：
在卸载金山毒霸时，如果它与主程序绑定，可能需要进入安全模式并手动关闭主程序，然后才能删除。
系统急救箱：
新毒霸（悟空）提供了系统急救箱功能，用于扫描和修复系统问题。
这些修改和清除操作旨在保护用户的计算机系统免受病毒和恶意软件的侵害，并恢复被破坏的系统文件和设置。