微信小程序违规的惩罚措施主要包括以下几种：
警告 ：通过开放平台相关消息、邮件等形式对开发者的不当行为进行警告，要求开发者在指定的时限内完成自查及整改，以使经营业务符合国家法律法规、政策、规章的规定、监管要求、小程序服务协议约定以及本规则规定。版本下架：
依据规则对违规小程序进行单个版本下架，单个版本下架后用户不可见，用户不可使用，扫描二维码提示无此小程序，但开发者可继续创建新版本。
封禁
永久封禁：
对于严重违规的行为，如提供外挂服务、违反国家法律政策等，平台将予以永久封禁，并可能拉黑主体。
暂时封禁：对于多次违规未整改的帐号，可能会受到暂时封禁的处理，包括但不限于限制某些功能或内容。
经济处罚
罚款：违规小程序可能面临罚款，具体金额依据违规的严重程度而定。
赔偿：由于违规行为而需要支付的赔偿金，给小程序带来直接的经济损失。
法律诉讼 ：不合规的小程序可能侵犯版权、知识产权或用户隐私等，从而引发法律诉讼。其他后果
流量主处罚：
流量主在运营期间违反平台规则，将根据情节严重程度受到终止广告展示服务、冻结账号操作权限、扣除广告收入等处罚。
搜索限制：对违规小程序进行限制搜索，阻碍其正常运营。
建议小程序开发者严格遵守平台规则和相关法律法规，以避免违规带来的不良后果。