法院质证后的程序主要包括以下步骤：
庭审发问
被告针对原告的证据进行质证，提出质证意见，主要从证据的合法性、真实性和关联性三个方面入手。
法官询问被告是否有其他证据提供，如果有，则开始被告的举证和原告的质证流程。
举证和质证顺序
原告出示证据，被告和第三人进行质证。
被告出示证据，原告和第三人进行质证。
第三人出示证据，原告和被告进行质证。
最后陈述
审判长在宣布辩论终结后，给予被告人最后陈述的权利。
合议庭评议
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议。
根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出有罪判决、无罪判决或证据不足的无罪判决。
这些步骤构成了法院质证后的重要程序，确保了审判的公正性和证据的充分性。