运算最快的程序取决于具体的计算任务和应用场景。以下是一些在不同条件下表现突出的编程语言和系统：
高级编程语言
Python：虽然Python是一种高级编程语言，通常执行速度较慢，但当结合NumPy和SciPy等库时，它在科学计算和数值计算方面表现出色。
Java：Java在执行速度上优于Python和PHP，尤其适合大型企业级应用和高性能计算。
C/C++：C和C++是高效的编程语言，生成的机器代码执行速度快，常用于底层和高性能应用程序开发。
汇编语言和机器语言
汇编语言：汇编语言程序直接操作计算机硬件，执行速度非常快，但编写和维护难度较大。
机器语言：机器语言程序是计算机能直接识别和执行的二进制代码，执行速度最快，但可读性极差。
超级计算机
天河二号：中国国防科技大学研制的天河二号超级计算机，以每秒33.86千万亿次的浮点运算速度夺得头筹，是目前全球最快的超级计算机。
泰坦（Titan）：搭载IBM的BlueGene/Q系统的泰坦超级计算机，排名第三，浮点运算速度为每秒钟17.17千万亿次。
红杉（Sequoia）：美国能源部劳伦斯·利弗莫尔国家实验室的红杉超级计算机，使用1572864颗核心，计算速度为每秒钟1.27千万亿次。
嵌入式系统
嵌入式汇编程序：某些嵌入式系统中的汇编程序可以实现非常高的运算速度，例如使用MD5算法的程序在某些情况下可以比C代码快将近两倍。
建议
选择合适的编程语言：根据具体的应用场景和需求选择合适的编程语言。对于高性能计算和科学计算，C/C++和Python（配合NumPy和SciPy）是不错的选择。
利用硬件加速：在特定情况下，可以考虑使用GPU或专用的硬件加速器来提高计算速度。
选择合适的计算平台：对于大规模计算任务，使用超级计算机或高性能计算平台可以显著提高运算速度。
综上所述，运算最快的程序可以是高级编程语言如Java或Python（配合科学计算库），也可以是汇编语言或机器语言编写的底层系统程序，或者是超级计算机等专用计算平台。