内部审计程序是指内部审计工作从开始到结束的整个过程，主要包括以下几个阶段：
制定审计计划
内部审计机构应根据组织战略和年度工作目标，考虑组织面临的重大风险因素和管理层的需求，制定年度审计计划。该计划由内部审计机构负责人制定，并报请组织适当管理层批准后实施。
准备阶段
确定重要性与审计风险：内部审计人员需评估被审计单位经营活动和内部控制中可能存在的差异和漏洞的严重程度，并结合被审计单位的性质、规模、经营活动等因素，从数量和质量两个方面考虑重要性。同时，估计审计风险的大小，并据此确定所需的审计程序及审计证据的数量。
编制审计方案：在考虑组织风险、管理需要及审计资源的基础上，内部审计人员应在审计项目实施前编制审计方案，对审计工作做出合理安排。审计方案由审计项目负责人编制，并报内部审计机构负责人批准后施行。
发出审计通知书：在实施具体审计项目之前，内部审计机构应事先向被审计单位送达审计通知书，通知其审计时间、审计目标、审计范围及应事先准备的资料等事项。
审计实施阶段
审计取证：内部审计人员通过收集、审查和分析证据，评估内部控制的有效性和合规性，检查企业运作是否符合相关法律、法规和内部政策。
提出改进意见：对审计中发现的问题，内部审计人员可随时向有关单位和人员提出改进建议，以促进组织改进管理。
审计报告阶段
编制审计报告：审计结束后，内部审计人员应提出审计报告，并在征求被审计单位意见后报送本单位领导。重要的审计报告还应同时报送同级国家审计机关。
后续审计：对重大审计事项作出的处理决定，须报经本单位领导批准，并进行后续审计，检查采纳审计意见和执行审计决定的情况。
成果运用阶段
审计评价：内部审计机构应对审计结果进行评价，总结审计经验，提出改进建议，并督促被审计单位执行审计决定。
归档审计档案：审计工作完成后，应及时归档审计文件，以备将来参考或复查。
通过科学地制定和实施内部审计程序，有助于提高审计工作效率，降低审计风险，从而提升审计质量，为组织提供更有价值的监督和建议。