水库注销的程序如下：
提交注销申请
经主管部门批准废弃的大坝，其管理单位应在撤销前，向注册登记机构申报注销。
管理单位需要填报水库大坝注销登记表，并交回注册登记证。
注销登记流程
申请已建成运行的大型水库大坝管理单位应在6个月内，向省水利厅提交大坝主要技术经济指标资料和申请书，申请大坝登记。
已注册登记的大坝完成扩建、改建的；或经批准升、降级的；或大坝隶属关系发生变化的；重新进行安全鉴定的；重要技术指标变更的；应在此后3个月内，向省水利工程管理局申请办理变更事项登记。
注销条件
水库降等与报废必须经过论证、审批等程序后实施。
报废的国有水库资产的处理，执行国有资产管理的有关规定。
注销依据
《水库大坝安全管理条例》第二十三条规定，大坝主管部门对其所管辖的大坝应当按期注册登记，建立技术档案。
《水库大坝注册登记办法》（水利部水管〔1995〕290号）对注销登记的具体操作进行了详细规定。
建议：
管理单位应严格按照相关规定和流程进行水库的注销登记，确保手续齐全、合法合规。
在注销过程中，应与相关部门保持良好沟通，确保信息的准确传递和及时更新。