高新技术企业认定程序如下：
企业自我评价
企业对照《高新技术企业认定管理办法》和《工作指引》进行自我评价，认为符合认定条件的，在“高新技术企业认定管理工作网”进行注册登记，并提出认定申请。
注册登记
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。
提交材料
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，并向认定机构提交以下书面材料：
高新技术企业认定申请书；
证明企业依法成立的相关注册登记证件；
知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料；
企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料；
企业职工和科技人员情况说明材料；
经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告；
近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
专家评审
认定机构收到企业申请材料后，根据企业主营产品（服务）的核心技术所属技术领域，在符合评审要求的专家中随机抽取专家组成专家组进行评审。
认定报备
认定机构结合专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合审查，提出认定意见，确定认定高新技术企业名单，报领导小组办公室备案，报送时间不得晚于每年11月底。
公示公告
认定机构对通过认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“高新技术企业认定管理工作网”公告认定结果，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”。
办理税收优惠手续
企业在所在地税务机关办理税收优惠手续。
建议企业在申请高新技术企业认定时，仔细对照相关政策和标准，准备好所有必要的材料，并确保申请材料的真实性和完整性，以提高认定成功的几率。