案件移交程序规定主要涉及刑事案件和行政案件的移交流程，具体如下：
刑事案件移交程序
案件由公安机关的办案人员写出起诉意见书及案卷、证据移送到检察院。
检察院审查后认可需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
检察院的公诉科审查完成后，写出公诉书，向对应的法院提起公诉。
案件移交到法院进行审判。
行政案件移交程序
指定两名或者两名以上的行政执法人员组成专案组专门负责，核实情况后向公安机关提出移送涉嫌犯罪案件的书面报告，同时报经本机关正职负责人或者主持工作的负责人审批。
负责人应当自接到报告之日起3日内作出批准移送或者不批准移送的决定。
移送案件时，随案附送相关材料。
公安机关自接受移送的涉嫌犯罪案件之日起3日内，决定是否予以立案。
决定立案的案件，自接到立案通知书之日起3日内将涉案物品以及与案件有关的其他材料移交公安机关。
管辖权移送案件程序
不具备管辖权的法院与具备管辖权的法院进行协商，对有关诉讼案件的犯罪事实进行合法的移送，涉及到跨区别移送的，一般还需要请求上级司法机关的协助进行。
人民法院发现受理的案件不属于本法院管辖的，应当移送给有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于该院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。
这些规定确保了案件在处理过程中的合法性和规范性，避免了管辖错误和程序不当等问题。