附录程序查重的原因主要可以归纳为以下几点：
学术原创性和规范性
附录虽然是论文的辅助部分，但仍然是论文的一部分，需要保证其原创性和学术性。如果附录内容存在抄袭或剽窃，将直接影响整篇论文的质量和可信度。
保护知识产权
许多学术期刊和论文库对硕士论文附录进行查重，以防止作者侵犯他人的知识产权，或通过篡改代码等手段指责他人。
确保学术诚信
论文查重是评估学术作品原创性和学术诚信性的重要环节。附录查重有助于发现可能存在的引用和剽窃行为，确保学术界的公正和学术规范的维护。
查重软件的能力
不同的查重软件对附录的检测能力有差异。一些查重软件具备对附录内容的识别和检测能力，但并不是全部软件都具备这样的功能。因此，在进行论文查重之前，了解所使用的查重工具对附录的处理方式是很重要的。
特殊情况下的查重要求
对于一些实验数据、原始数据、调查问卷等较为重要的数据，可能需要提醒作者进行查重，以避免多个论文附录内容相似的情况，从而保障学术原创性。
学术规范和引用要求
在学术写作中，附录通常被用来附加说明数据、图表、代码等重要信息。尽管附录内容较为辅助性，但在学术界的研究中，严谨的学术规范至关重要。一些学术期刊和论文评审机构要求对整篇论文进行全文查重，包括附录部分。
综上所述，附录程序查重主要是为了确保论文的原创性、学术规范性和学术诚信，防止抄袭和侵犯他人知识产权。不同的查重软件在处理附录内容时可能存在差异，因此作者在进行论文查重时应了解所使用的查重工具的具体要求和能力。