日本归化申请程序如下：
准备资料
预约法务局的面谈时间，并准备所需资料。
所需资料包括归化许可申请书、家属个人信息申请书、归化理由书、履历书、事业概要书、住民票、国籍证明、亲属关系公证书、纳税证明、收入证明等。
事前商谈
打电话给法务局预约面谈，确认申请条件及所需材料。
面谈
到法务局进行面谈，与法务局的担当确认是否符合申请条件，并了解需要准备哪些材料。
准备材料
根据面谈结果，准备相应的材料，并可能需要多次前往法务局补充或确认资料。
递交申请
携带所有材料前往法务局，与负责人面对面确认资料内容，并递交申请。
面试与调查
可能会进行面试和家访，时间约10分钟左右。如有追加材料，会有追加材料的通知。
最终审核
法务大臣对申请进行最终审核，并在官报上公开许可人的姓名和住址。
交付身份证明书
审核通过后，法务局会交付归化者身份证明书，并办理归化后的各种相关手续，如区役所、驾照、银行账户名义等。
整个申请过程大约需要1年左右的时间，具体时间取决于国籍和主管法律部门的审查进度。建议委托专业的行政书士办理，以减少自行申请的时间和复杂性。