专项方案审查程序通常包括以下几个步骤：
方案编制
专项施工方案应由设计单位或施工单位根据相关规定编制，内容应包括项目背景、目的、实施计划、预期成果及预算等，并确保材料的完整性和真实性。
方案报审
专项施工方案编制完成后，需要向工程建设主管部门或发包人进行报审，同时提交施工单位的资质证明、专项施工方案等相关资料。
初步审查
初步审查主要对专项方案的合规性、完整性和逻辑性进行审查，确保方案符合相关法规和标准要求。初步审查应在规定时间内完成，合格的方案将进入专家评审阶段，不合格的将被退回或要求重新提交。
专家评审
专家评审由相关领域的专家进行，评审内容包括方案的可行性、创新性、实施风险及预期效益等方面。评审方式可以是会议评审、在线评审或书面评审等。根据评审意见，专项方案提出者需对方案进行修改和完善，并通过反馈沟通确保方案质量得到提升。
修改与反馈
根据专家评审意见，专项方案提出者需对方案进行修改和完善，并通过反馈沟通确保方案质量得到提升。提出者需在规定时间内完成修改并提交修改后的专项方案。
内部审核
专项方案编制完成后，由项目技术负责人组织内部审核，确保方案的科学性和可行性。对于超危大工程，可能需要组织专家论证会，邀请行业专家对专项方案进行评审，提出意见和建议。
政府监管部门审查
根据工程规模和风险等级，可能需要提交政府监管部门进行审查，确保方案符合相关法律法规要求。
方案调整与优化
根据审核和论证过程中提出的意见和建议，对专项方案进行调整和优化，直至满足所有相关方的要求。
方案批准与实施
专项施工方案审查合格后，需进行批准。批准机构应当对经审核通过的方案进行认真审查，并按照工程建设主管部门或发包人的要求进行批准。一旦专项施工方案审批通过，施工单位可以按照方案的要求进行施工作业。
实施监管
一旦专项施工方案得到了批准，相关部门需要加强对施工过程的监管，确保专项施工方案得到严格执行，同时做好风险管控和应急预案。
这些步骤共同构成了专项方案审查的完整流程，确保方案的科学性、合理性和可行性，降低项目实施过程中的风险，提高项目的经济效益和社会效益。