Adobe Photoshop：
业界标准的图像处理软件，适用于图像编辑、图形设计、数字绘画和照片修复。它提供了非常丰富的功能，包括层次管理、智能对象、滤镜、色彩调整和精确的选择工具。Photoshop适用于处理栅格图像，如照片或数字绘画，支持多种文件格式，广泛应用于摄影师、设计师、广告公司、出版机构等领域。
GIMP：
一个开源且免费的图像处理软件，提供了类似Photoshop的功能，支持图像编辑、修复、滤镜应用和绘图等功能。GIMP特别适合预算有限但仍需要功能强大的图像编辑工具的用户。尽管它是免费的，但GIMP的功能相当强大，并且有大量的插件和社区支持。
Paint.NET：
Windows平台上的一个图像和照片处理软件，早期定位于MSPaint的免费替代软件，支持图层、通道、无限制的历史记录、特效和许多实用工具。在3.3版本之前开源，之后由于种种原因放弃开源。
ImageEditor：
一个用Java开发的图像处理软件，具有图层、选区、滤镜以及其他一些工具。整体来说较上述两个软件稍次一些，但依旧强劲。提供了很多独特的滤镜算法，工具箱中的透视变形工具很给力。
Organize Layers （OL）：
AE里的一个图层管理插件，能让你的图层管理变得超级简单和高效。可以快速排序图层、分组图层、重命名图层等。
根据你的需求和预算，可以选择适合你的图层处理软件。如果你需要功能强大且免费的工具，GIMP和Paint.NET是不错的选择。如果你更倾向于专业级的图像处理，Adobe Photoshop无疑是最佳选择。对于需要高效图层管理的用户，可以考虑使用Organize Layers插件。