根据教育部公布的第四轮学科评估结果，国内软件工程专业最好的大学如下：
北京航空航天大学：
北航的软件工程学科在教育部评估中荣获A+，综合教学实力全国第一，尤其在嵌入式系统、航空航天软件等方面具有独特的教学经验。
浙江大学：
浙江大学软件工程专业实力强劲，注重培养学生的创新思维和实践能力，在人工智能、大数据处理等领域有独特的教学优势。
国防科技大学：
作为军事院校，国防科技大学的软件工程专业注重培养学生的系统设计和安全防，竞争相对较小，录取比例较高。
此外，其他在软件工程学科中表现突出的大学还包括：
北京大学：北京大学在软件工程专业中全国排名第2，软件工程专业的综合等级为A+。
清华大学：清华大学在软件工程专业中全国排名第1，软件工程专业的综合等级为A+。
南京大学：南京大学在软件工程专业中全国排名第3，软件工程专业的综合等级为A+。
这些大学的软件工程学科均具有很高的教学水平和研究实力，是同学们在择校时可以优先选择的好大学。建议根据个人兴趣、职业规划以及学校的具体优势来选择最适合自己的学校。