Metamorph
特点：功能全面，一套软件相当于所有其他显微镜图像处理软件的集合，能够驱动所有显微镜及绝大多数附加装置。包括MetaVue（入门基本版）、MetaMorph Basic（基础版）和MetaFluor（荧光染剂测量专用软件）。
IPP
特点：强大的2D和3D图像采集、处理、增强和分析软件，具备广泛的测量功能，可实现用户定制化服务。
ImageJ（免费）
特点：基于JAVA的开源图像处理软件，功能强大且免费。
V3D
特点：能够对大规模生物图像数据集进行实时三维可视化和定量分析，具有高效的数据处理与可视化、便捷的交互操作、跨平台性与可扩展性、强大的定量分析能力。
Dragonfly 3D World
特点：结合深度学习技术与直观的工作流程，提供强大的图像增强、自动分割和量化分析工具，拥有灵活的工作流程。
CATMAID
特点：界面灵感源自谷歌地图，采用部分去中心化架构，专为神经科学领域设计，支持灵活的分层语义注释。
NIS-Elements
特点：Nikon显微成像系统共用的控制软件，可以控制包括显微镜、相机、Confocal、N-SIM、N-STORM、TIRF等在内的全线产品，学习成本低。
LAS X
特点：徕卡显微系统的显微镜成像软件平台，适用于生命科学、材料科学和教学，提供高度灵活性，支持多种显微成像解决方案。
PRECiV
特点：奥林巴斯图像分析软件，使奥林巴斯显微镜成为高效、性能优异的分析平台，功能全面，简单易用。
这些软件各有特点，适用于不同的显微成像需求。选择哪个软件取决于具体的应用场景、预算和操作习惯。建议根据实际需求和实验需求进行选择，并尝试使用试用版或免费版以评估其适用性。