对于iPad上的PDF笔记软件，以下是一些推荐：
PDF-NOTE FREE 和 neu.annotate：
这两款软件非常适合做笔记，提供图章、荧光笔、文字笔记和图形笔记等多种功能，用户反馈良好。
福昕PDF阅读器：
这款全能型PDF阅读器不仅支持阅读，还提供批注、记笔记、翻译、组织、记忆和文献管理等功能。它在iPad上的操作简单，功能全面，用户评价很高。
GoodNotes：
具备强大的手写识别功能，能将手写内容快速准确地转换为文本，方便编辑。同时支持对PDF文件进行标注和批注，整理便捷。
Notability：
除了常规的录音与同步功能外，还支持对录音进行剪辑。分屏协作功能使得一边查看资料一边做笔记成为可能，并且可以与他人实时共享笔记进行协作编辑。
Apple Notes：
与苹果其他应用和系统功能无缝集成，如可以直接从照片应用中插入图片，利用Siri进行语音输入。支持使用密码或触控ID对个别笔记进行加密，保护隐私。
OneNote：
提供多种页面布局模板，如康奈尔笔记法模板等，帮助用户规范笔记格式，提高学习效率。大纲视图模式方便对笔记内容进行层次化梳理，便于构建知识体系。版本管理功能可以自动保存文档的多个版本，避免误操作导致的数据丢失。
有道云笔记：
支持在手机、电脑、平板等多平台同步笔记，无论何时何地都能访问和编辑自己的笔记。具有强大的OCR文字识别功能，能将图片中的文字快速提取并转化为可编辑文本，方便整理资料。
根据以上推荐，如果您需要一款功能全面且用户友好的PDF笔记软件， 福昕PDF阅读器和 GoodNotes是不错的选择。福昕PDF阅读器适合需要多种功能的用户，而GoodNotes则适合注重手写识别和笔记整理的用户。如果您更倾向于使用苹果生态系统内的应用， Apple Notes和 OneNote也是非常出色的选项。