替代程序主要查以下内容：
存货的收发凭单等原始凭证：
当无法执行监盘程序时，注册会计师可以通过检查存货的收发凭单等原始凭证来验证存货的存在和数量。
合同和相关记录：
对于往来询证函未回函的情况，注册会计师可以检查与业务有关的合同、内部审批记录、运输物流单据、收发货记录单据、对方签收单据、发票、收付款银行单据等。
应收账款的真实性和可收回性：
通过检查和核对销售发票、出库单、运输单据以及经济合同等原始凭证和资料，判断应收账款的真实性；同时，通过了解客户信誉、账龄分析、业务往来的过程、以往的收回情况以及经济合同的有关条款等方面，判断债权的可收回性。
货币资金和银行借款的确认：
在货币资金审计中，如果被审计单位银行存款账面为零，可以通过查询人民银行系统或取得银行对账单的原件来确认余额；在银行借款审计中，可以通过核对货款卡信息、借款及担保合同、借款凭证和还款凭证等来确认借款的真实性和准确性。
期后收款情况：
检查期后收款情况也是替代程序的一部分，有助于确认应收账款的真实性。
原始凭证和往来信息：
替代程序还包括检查原始凭证和往来信息，如合同、订单、验收材料或签收单、发票、银行流水等，以确认收入的真实性和应收账款的合理性。
间接证据的收集：
替代程序主要是获取间接证据，即“佐证”和“旁证”，这些证据不能直接证明经济业务的存在或发生，但能与其他证据联系起来，共同证明和确定经济业务存在或发生。
综上所述，替代程序主要用于验证和确认各种财务信息的真实性和准确性，包括存货、应收账款、货币资金和银行借款等，并在无法执行原计划审计程序时，通过其他手段获取足够的审计证据来支持审计结论。