环保立案程序一般包括以下步骤：
接收线索 ：环保部门或相关执法机构接到关于环保问题的举报、投诉或自行发现的线索。
初步审查
对接收到的线索进行初步审查，判断是否符合立案条件，如违法事实是否清楚、证据是否充分、是否属于本部门管辖等。
初步审查后，若认为符合立案条件，则正式立案。
调查取证
立案后，环保部门组织专业人员进行调查取证，通过现场勘查、询问相关人员、收集证据材料等方式，全面深入地了解违法情况。
调查过程中必须严格按照法定程序进行，确保证据的合法性和有效性。
整理分析证据
调查结束后，对收集到的证据进行整理和分析，撰写调查报告。
作出处理决定
根据调查报告以及相关法律法规，环保部门作出相应的处理决定，如责令整改、行政处罚等。
如果涉及刑事犯罪，还会将案件移送司法机关进一步处理。
告知当事人权利
在调查过程中，执法人员会及时向当事人告知其权利和义务，确保整个立案和调查过程的公正、公平、合法。
听证程序
对于重大或特大环境污染和破坏事故，或者处罚额度超过一定金额的案件，可能会举行听证会，听取当事人的陈述和申辩。
案件归档
立案后，执法机构需对案件进行详细登记和编排号码，并建立起完整的案件档案。
以上步骤旨在确保环保案件的立案和调查过程合法、公正、有效，保障公众环境权益和环保法规的实施。