本科学校评估的程序主要包括以下几个步骤：
评估申请
高校需向教育行政部门提出申请，包括选择评估类型和评估时间。中央部门所属高校向教育部提出申请，地方高校向所在地省级教育行政部门提出申请。
学校自评
高校成立由主要负责人任组长的审核评估工作领导小组，落实主体责任。
对照评估重点内容和指标体系，结合实际和上一轮评估整改情况，制订工作方案，全面深入开展自评工作，形成《自评报告》并公示。
专家评审
评估专家统一从本科教育教学评估专家库中产生，人数为15~21人，其中外省（区、市）专家人数不少于评估专家组人数的三分之二，专家组组长由外省（区、市）专家担任。
采取审阅材料、线上访谈、随机暗访等方式进行线上评估，在全面考察的基础上，提出需要入校深入考察的存疑问题，形成专家个人线上评估意见。
专家组组长根据线上评估情况，确定5~9位入校评估专家，在2~4天内重点考察线上评估提出的存疑问题。综合线上评估和入校评估总体情况，制订问题清单，形成写实性《审核评估报告》。
反馈结论
教育部和各省级教育行政部门分别负责审议《审核评估报告》，通过后作为评估结论反馈高校，并在一定范围内公开。
限期整改
高校应在评估结论反馈30日内，制订并提交《整改方案》。两年内完成整改并提交《整改报告》。
督导复查
教育部和各省级教育行政部门以随机抽查的方式，对高校整改情况进行督导复查。
这些程序旨在确保本科学校的教学质量得到全面、客观的评估，并通过整改提高教学水平。