套壳小程序虽然有一些优势，但也存在一些不足之处：
浪费国家资源：
套壳软件可能会剥夺国内小团队的开发机会和生存权利。国家投入大量经费用于国产工业软件的研发，而套壳软件直接使用开源代码，可能导致这些经费未能用于真正需要的地方。
技术依赖性：
套壳小程序过度依赖现有的开源代码或商用软件，可能缺乏自主创新和核心技术。这可能导致在关键技术和市场变化时，小程序的可持续性和竞争力受到影响。
性能问题：
套壳小程序的性能可能不如完全自主开发的小程序。由于需要运行在原有软件的基础上，可能会受到性能瓶颈的限制，尤其是在需要高性能处理的场景中。
安全隐患：
套壳小程序可能隐藏了原始软件的安全漏洞，给用户带来潜在的安全风险。由于套壳软件可能未经过严格的安全测试和验证，可能存在未被发现的漏洞，容易被攻击者利用。
法律风险：
套壳软件可能涉及版权和知识产权问题。如果套壳软件未获得合法授权，可能会引发法律纠纷和赔偿风险。
用户体验：
套壳小程序可能无法提供完全定制化的用户体验。由于受限于原有软件的界面和功能，可能无法满足用户的个性化需求。
综上所述，套壳小程序虽然可以节省开发时间和精力，但也存在诸多潜在问题。企业和开发者在选择套壳方案时，需要权衡其优缺点，确保符合自身的长期发展需求。