线上小程序虽然具有许多优势，如方便快捷的使用体验、较低的开发成本以及良好的跨平台兼容性，但也存在一些弊端，主要包括以下几点：
大小限制：
小程序的大小限制在2MB（通过分包技术可扩展至20MB），这限制了它们可以承载的应用类型和内容的复杂性。对于需要高交互或多媒体内容的应用来说，这是一个明显的挑战。
功能受限：
由于微信的管理政策，小程序在某些功能的实现上受到限制，例如敏感内容的发布和复杂的外部跳转。这限制了开发者在设计应用时的创新空间。
用户留存率低：
用户通常“即用即走”，这导致用户留存率不高，企业需要采取额外措施来吸引和维护用户。
样式单一：
小程序的组件样式相对单一，开发者无法自定义组件的外观，这限制了品牌展现的个性化。
不支持外链跳转：
小程序不支持任意外链跳转，开发者必须将需要的链接提前设定为合法域名，这增加了开发的复杂度，也限制了相关业务的推广方式。
推广难度：
小程序的发现和推广相对困难，需要额外的推广和宣传措施，尤其是在非微信生态系统内。
平台依赖性：
小程序的发展受到微信生态的影响，一旦微信生态发生变化或政策调整，可能会对小程序的发展和运营造成影响。
运营成本较高：
小程序的运营成本相对较高，需要通过不断的推广和营销等方式来吸引用户，相对来说需要投入更多的资源和精力。
用户数据限制：
小程序只能提取到用户的基本信息（如头像、昵称、openID），其他资料需要用户主动填写，这限制了开发者对用户数据的深度利用。
更新频率：
开发者需要频繁更新小程序，以保持用户的兴趣和参与度，这对开发者的运营能力提出了较高要求。
综上所述，虽然小程序具有很多优势，但在实际开发和运营过程中，开发者需要克服这些弊端，才能充分发挥其潜力。