工程设计程序通常包括以下几个主要阶段：
项目建议书阶段
这是工程项目的最初阶段，主要作用是推荐建设项目，以便在一个确定的地区或部门内，以自然资源和市场预测为基础，选择建设项目。项目建议书经批准后，可进行可行性研究工作，但并不表明项目非上不可，项目建议书不是项目的最终决策。
可行性研究阶段
在项目建议书被批准后，对项目在技术上和经济上是否可行所进行的科学分析和论证。可行性研究包括初勘和详勘两个阶段，为设计提供实际依据。
可行性研究报告阶段
勘察设计阶段，包括初步设计阶段和施工图设计阶段。初步设计是设计的第一步，如果初步设计提出的总概算超过可行性研究报告投资估算的10%以上或其他主要指标需要变动时，要重新报批可行性研究报告。初步设计经主管部门审批后，建设项目被列入国家固定资产投资计划，方可进行下一步的施工图设计。
初步设计阶段
在可行性研究报告获得认可后，进行初步设计。这一阶段需要对整个项目在初步设计的基础上，做更加具体的设计，细致到工人可以施工。初步设计需要满足编制施工图设计文件的需要，包括出总平面图、各层平立剖面图、结构方案与造型、主要建筑材料的选用、主要设备和材料表、设计说明书等。
技术设计阶段
对于大型复杂项目，在初步设计之后可以增加技术设计阶段。技术设计是各种技术问题的定案阶段。
施工图设计阶段
在初步设计通过后，进行施工图设计。这一阶段需要对整个项目在初步设计的基础上，做更加具体的设计，细致到工人可以施工。施工图设计要求准确周全，有严密的系统性，易查找，图纸之间不应互相矛盾，并且要熟悉选用的材料规格、型号、尺寸以及施工制作和安装的规律。
施工交底阶段
最后是对施工队进行施工交底，然后跟进施工队，对施工队在施工过程遇到的问题进行合作处理。
施工阶段
包括施工招标、施工监督、施工验收等环节，确保施工过程按照设计要求进行。
竣工验收阶段
按照规定的标准和程序，对竣工工程进行验收，编制竣工验收报告和竣工决算，并办理固定资产交付生产使用的手续。
后评价阶段
工程项目建设完成后，进行后评价，总结项目经验教训，为后续项目提供参考。
这些阶段共同构成了工程项目的完整设计流程，确保项目从概念到实施的每个环节都经过科学规划和严格把控。