“两违处理办证程序”是指针对违法用地和违法建设行为的处理流程，包括以下步骤：
现场制止与责令限期拆除
执法人员发现正在建设的“两违”行为时，应当当场制止，并送达《责令限期拆除决定书》，要求当事人当天自行拆除违法建筑。
报告与现场核查
执法人员应当立即报告当地乡镇人民政府，接到报告的乡镇人民政府应当在2日内组织现场核查。
拆除与监督
对逾期未自行拆除的违法建筑，执法人员应当立即送达《强制拆除决定书》，并在3日内组织实施拆除，15日内必须全部拆除完毕。
法律依据
处理“两违”行为依据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规进行。
申请与审批
在县、乡（镇）规划区内建设建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程的，建设单位或者个人应当向县人民政府城乡规划主管部门（县自然资源局）申请办理建设工程规划许可证，并提交相关证明文件。
系统审核
涉及办理房屋用水、用电、证照业务、金融贷款等的事项，需要通过“两违”整治办的系统审核才能办理。
总结：
“两违处理办证程序”主要包括现场制止、责令限期拆除、报告与核查、拆除与监督、法律依据、申请与审批以及系统审核等步骤。该程序旨在有效处理违法用地和违法建设行为，维护城乡规划秩序。