海关稽查流程主要包括以下几个步骤：
通知稽查
海关在实施稽查的3日前，应书面通知被稽查人（制发《稽查通知书》）。在被稽查人有重大违法嫌疑，其账簿、单证等有关资料以及进出口货物可能被转移、隐匿、毁弃等紧急情况下，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，海关可以不经事先通知进行稽查。
实施稽查
海关稽查人员查阅、复制被稽查人的账簿、单证等有关资料；进入被稽查人的生产经营场所、货物存放场所，检查与进出口活动有关的生产经营情况和货物；询问被稽查人的法定代表人、主要负责人员和其他有关人员与进出口活动有关的情况和问题。
报告
海关稽查人员根据稽查情况撰写稽查报告，并征求企业意见。当海关稽查人员认为有必要时，可对企业有关人员制作《询问笔录》，企业有关人员应如实回答海关工作人员的提问，询问结束后在《询问笔录》上签字（盖章）。当海关稽查人员认为有必要的，可对企业的生产经营场所和进出口货物存放场所进行检查。检查时，企业的法定代表人或主要负责人或其授权代表应到场，按照海关的要求开启场所、搬移货物，开启、重封货物的包装。检查结束后，企业应在海关工作人员填写的《检查记录》上签字（盖章）。当海关稽查人员认为有必要的，可对企业的账簿、单证等有关资料和进出口货物实施封存。封存时海关出具《封存通知书》，并对账簿、单证等有关资料和货物加贴海关专用封志。企业在对封存物清点后应当在《封存通知书》所附清单上签字（盖章）。
企业反馈意见
企业在收到稽查报告后，应在7日内向稽查组提出书面意见，逾期未提交的，视为无意见。
稽查结论
海关稽查组实施稽查后，应当向海关提出稽查报告。稽查报告报送海关前，应当征求被稽查人的意见。被稽查人在自收到稽查报告之日起7日内，将其书面意见送交海关。海关根据稽查报告和企业的反馈意见，作出稽查结论。
建议在收到《稽查通知书》后，企业应及时与海关联系，并按通知中的稽查范围准备相应的账册、业务单证及有关资料，以便更顺利地配合海关的稽查工作。