孵化小鸵鸟的程序如下：
孵化前准备
调节孵化室和孵化机的温度、湿度，并进行全面消毒。
检查孵化机的通风和翻蛋控制系统，确保正常运转。
对种蛋进行熏蒸消毒，并预热到室温。
种蛋入孵
将种蛋大头朝上放入孵化机，按照一定顺序和批次放置。
记录每批种蛋的入孵日期、品种、系谱编号和数量。
孵化期管理
孵化前期温度控制在36.8摄氏度，后期温度控制在36摄氏度。
每2小时翻蛋一次，防止胚胎粘连。
每天观察并记录孵化情况，及时发现并处理无精蛋和死胚蛋。
照蛋
入孵后第10天进行头照，检查受精蛋和死胚蛋。
入孵后第24天进行二照，进一步检查胚胎发育情况。
入孵后第34天进行三照，确认胚胎是否封门。
落盘和出雏
落盘时间在34-38天之间。
41天开始出壳，干身后6小时交雏至育雏室，每天分三次交雏。
孵化后处理
孵化出雏完毕后，进行彻底清理和消毒。
对雏鸟进行初步护理和喂养，确保其健康生长。
这些步骤确保了鸵鸟蛋从孵化到出雏的整个过程在适宜的环境中进行，提高了孵化率和雏鸟成活率。