公司发票管理程序通常包括以下几个关键步骤：
发票申请与审核
收货单位（公司销售部门）或相关经办人（财务部除外）填写《公司开票申请单》，包括出票公司名称、申请日期、发票性质、纳税人识别号（增值税专票）等必填项。
一般纳税人需提供其他开票必填项信息及资格证明。
商品名称必须与合同相符，财务部负责资料采集与审核。
出票公司会计负责《公司开票申请单》审核，公司开票员负责开具发票。
填写完整的申请单后，交公司领导审批（可以电话、微信、短信等审批）并补签字。
发票开具
所有出票必须由受票方经办人回签或回传《发票签收单》，与申请单装订一起作资料保管备查。
公司空白发票由开票员保管，发票专用章由授权会计管理。
开具发票时，必须是具备一般纳税人资格的企业或单位，并提供相应的开票信息。
业务部门需开具发票必须在有实际经济行为发生时，不得多开或虚开。
当月开具的发票可直接作废，次月退回的增值税普通发票可开具红字发票冲回。
次月退回的增值税专用发票，对方单位未认证的，由税务会计开具红字申请单，提交主管国税局核对，核对无误后由主管国税局开具增值税红字通知单后方可开具红字发票冲回，对方单位已认证的，由对方单位向税务会计提交增值税红字通知单后可开具红字发票冲回，但最长期限不得超过180天，否则不予冲红。
发票保管与缴销
作废发票不得损毁，应注明作废字样。
已使用的发票存根须妥善保存5年，不得擅自销毁，以备核查。
因人为或政策原因作废的发票，需完整保存所有联次，并登记清册，集中销毁。
发票使用与取得
销售方在发生经营业务收取款项时，应按照规定向付款方开具发票，如实填写发票的各项内容，包括购货方名称、货物或服务名称、金额、税率等信息。
购货方在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，必须向收款方取得发票，且不得要求变更品名和金额。
不合规的发票不得作为财务报销凭证，有助于维护交易的真实性和税收的准确性。
内部发票管理制度
制定单位内部发票管理的各项制度，包括有印票、用票、管理行为时所必须遵守的行为规范。
确保发票的印制、领购、使用、保管和缴销过程合法合规。
这些步骤共同构成了公司发票管理的完整流程，旨在确保发票使用的合规性、安全性和可追溯性，同时便于公司内部财务管理和税务申报。