动物诊断的程序主要包括以下几个步骤：
病畜登记
记录病畜的详细信息，包括畜禽主的姓名、住址、畜禽种类、品种、用途、性别、年龄、毛色等。
病史调查
也称为问诊，通过与动物主人及相关饲养人员有目的的交谈，了解病畜的发病情况、既往病史、饲养管理及使役情况等。
临床症状的检查
包括整体状态、被毛、皮肤、可视黏膜、体表淋巴结及淋巴管、体温、呼吸和脉搏数的检查。
系统检查，涵盖消化系统、呼吸系统、心血管系统、泌尿生殖系统，以及神经系统的检查。
实验室检查，包括血液、粪便和尿液等常规化验，瘤胃内容物、肝功能、毒物、寄生虫、细菌和病毒及生化检查等。
特殊检查，如X光检查、心电图检查、超声探查、同位素检查、数素检查、直肠检查、组织器官穿刺液检查等。
群体检查
通过调查了解、查阅病历资料、现场巡检、畜禽群与个体的观察和检查，实验室检查（包括饲料、饮水、空气与个体病理材料检查）和一些特殊检查法。
鉴别诊断
在初步诊断之前，考虑其他可能的病因，并进行鉴别诊断，逐步排除可能性较小的疾病，缩小鉴别的范围，直至剩下一个或几个可能性较大的疾病。
建立诊断
根据收集到的症状，分出主次，按主要症状设想出一个疾病，把主要症状与所设想的疾病互相对照印证，如果所设想的疾病能够解释主要症状，且又和大多数的次要症状不相矛盾，便可建立诊断。
验证、确立及修正诊断
通过进一步的检查和测试，验证初步诊断的正确性，确立最终诊断，并在必要时进行修正。
这些步骤综合应用，可以帮助兽医全面、系统地了解病情，从而作出正确的诊断。