结转结余资金的使用程序主要包括以下几个步骤：
资金申请与审核
预算执行单位应在每年10月31日前向财政部提交下一年度结转结余资金申请报告。
申请报告应包括预算执行单位基本情况、结转结余资金来源、金额及使用计划、绩效目标和其他需要说明的事项。
财政部对申请报告进行审核，并根据实际需求和资金使用绩效确定分配方案。
资金分配与使用
财政部根据审核结果将资金分配给预算执行单位。
预算执行单位应按照以下原则使用结转结余资金：
优先保障已批复预算项目的实施。
合理调整项目进度和用款计划，确保资金使用效益。
结转结余资金不得用于弥补日常运转经费。
使用应符合国家政策导向和支持重点。
账务处理
中央级和省级单位年末结转结余资金的账务处理：
在财务会计下借记“财政应返还额度”科目，贷记“财政拨款收入”科目。
在预算会计下借记“资金结存——财政应返还额度”科目，贷记“财政拨款预算收入”科目。
第二年收回结转结余资金的账务处理：
若财政没有收回结转指标，系统中结转指标类型为“国库集中支付结余”，在使用该条指标支付时，财务会计借记“费用科目”，贷记“财政应返还额度”；预算会计借记“支出科目”，贷记“资金结存——财政应返还额度”。
若财政收回结转指标，在收到收回指标的文件时，财务会计借记“累计盈余”科目，贷记“财政应返还额度”；预算会计借记“财政拨款结转（余）——归集上缴”科目，贷记“资金结存——财政应返还额度”。
项目管理与验收
项目执行期满后由相关部门进行验收，未按期验收的，通知财务暂停项目经费使用。
验收完成后，项目经费使用时间不得超过规定时间。
能够提供项目未到期证明的，可以继续使用资金。
结余结转
结余结转到下一年度，但每年年末项目的结余资金不得超过当年拨款金额。
结转通常在会计年度结束时进行，如12月31日。
上缴或注销
如果需要，将财政补助结转资金上缴或注销，并做相应的会计分录。
管理与监督
结转结余资金的管理和使用需遵守相关政策，确保资金安全、合规使用。
财政拨款结转的管理相对灵活，但需确保资金按原用途使用；财政拨款结余的管理相对严格，需经过财政部门审批。
这些程序共同构成了结转结余资金使用的完整流程，旨在确保资金的有效利用和合规性。