劳动局查案程序一般包括以下几个步骤：
登记立案
劳动行政部门在发现或接到举报后，经过审查，确认存在违法事实且需要依法追究的，应当登记立案。
立案应当填写立案审批表，报劳动监察机构负责人审查批准，批准之日即为立案起始时间。
调查取证
对已立案的案件，劳动监察机构应当及时组织调查取证，收集相关证据。
证据包括书证、物证、视听资料、证人证言、当事人的陈述、鉴定结论、勘验笔录、现场笔录等。
调查取证后，应当作出调查报告并提出处理意见，填写案件处理报批表。
处理
在调查取证并听取当事人的申辩后，劳动行政部门根据调查结果，对违反劳动和社会保险法律、法规或者规章的行为作出处理决定。
对事实清楚、证据确凿的案件，应当依法给予行政处罚，并将案件处理报批表报劳动行政部门负责人批准。
情况复杂的，经劳动行政部门负责人批准，可以延长30个工作日。
告知
对应当通过劳动争议处理程序解决的事项或者已经按照劳动争议处理程序中请调解、仲裁或者已经提起诉讼的事项，应当告知当事人。
在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，告知当事人依法享有的权利。
制作处理决定书
劳动行政主管部门作出处理决定后，应当制作处理决定书，并送达当事人。
执行与结案
劳动监察机构按照处理决定执行，并督促用人单位改正违法行为。
劳动监察案件应从立案之日起三十日内结案，特殊情况经上一级劳动行政部门批准，可以延长，但延长时间最长不得超过三十日。
以上是劳动局查案的一般程序，具体操作中可能会根据案件的具体情况和当地的相关规定有所调整。