纪委问询的函件程序如下：
发函
函询由纪检监察机关以办公厅（室）名义发函给被反映人，并抄送其所在党委（党组）和派驻纪检监察组主要负责人。
回复期限
被函询人应当在收到函件后15个工作日内写出说明材料，并由其所在党委（党组）主要负责人签署意见后发函回复。
特殊情况处理
若因特殊情况不能在规定时间内回复，被函询人应报纪委负责该函询的部室同意，适当延长回复时间。
对未经请示批准，无故不按时回复的，纪委负责函询的部室应当责令其及时回复。
书面回复要求
被函询人的书面回复应当经本级党组织和纪检组织负责人审签后，报送纪委负责该函询的部室。
若被函询人为党委（党工委）主要负责人，其书面回复应当经本级纪委（纪工委）主要负责人签署意见后，报纪委负责该函询的部室。
函询目的
函询是纪检监察机关处置问题线索的一种方式，旨在抓早抓小、动辄则咎，防止党员干部由小错酿成大错，小问题变成大问题。
通过以上程序，纪检监察机关可以依法依规对党员干部进行函询，确保问题线索得到及时、规范、有效的处理。