程序：
程序是指一系列按照特定顺序组织的计算机指令和数据，它包含输入、处理和输出三个基本部分。在计算机中，程序通常是指可执行程序（Executable Program），即可以直接双击运行的文件。根据操作系统不同，可执行程序的文件后缀也有所不同，例如在Windows系统中常见的后缀为`.exe`和`.com`，而在类UNIX系统（如Linux、Mac OS）中，可执行程序没有特定的后缀，系统通过文件的头部信息来判断其是否为可执行程序。
文件目录：
文件目录是计算机系统中用于记录所有文件名字及其存放地址的目录表。它包含了文件的说明信息和控制信息，主要包括以下内容：
文件名：
包括文件的符号名和内部标识符（ID号）。
文件的逻辑结构：
说明文件是否是定长，记录长度及记录个数等。
文件的物理结构：
即文件信息在辅存中的物理位置及排布，可能是连续文件、串联文件、索引文件等结构形式。
存取控制信息：
用于控制文件的访问权限。
文件目录在计算机系统中以树形结构组织，其中每个目录可以包含文件和其他目录，形成层次结构。根目录位于目录树的最顶层，包含所有其他目录和文件。子目录位于某个目录内部，可以包含更多的文件和子目录。当前目录是操作系统中用户当前正在操作的目录。路径则是用来唯一标识文件或目录位置的一串字符。
在编程和软件开发中，程序目录结构和自动配置是两个重要概念。程序目录结构定义了项目中源代码、配置文件和其他资源的组织方式，而自动配置是一种机制，通过分析应用程序的环境和依赖关系，自动完成一些配置工作，减少开发人员的工作量。一个典型的程序目录结构通常包括以下几个主要目录：
`src`：存放源代码的主要目录，通常按照不同的语言或模块进行划分。
`test`：存放测试代码的目录，也按照语言或模块进行划分。
`config`：存放配置文件的目录，包含应用程序的各种配置项。
`lib`：存放第三方库或依赖的目录。
通过以上信息，我们可以看到程序和文件目录在计算机系统中的基本定义和作用，以及它们在编程和软件开发中的应用。