公司印章封存需要遵循以下程序：
股东纠纷与公章上交
在股东出现纠纷后，需要将公章交给保密局。
提交封存公函
同时需要递交一份封存公章的公函。
办理交接手续
保密局在办理完交接手续后，将封存公章。
印章停用及销毁
有以下情况之一的，印章须停用及销毁，并履行报废手续：
机构变更或撤销
原有印章破损
原有印章遗失或被窃。
交回与收缴
印章停止使用后，使用单位应当在十日内将印章全部交回上级主管部门或登记管理机关封存。逾期不交的，由上级主管部门或登记管理机关予以收缴。
登记造册与备案
上级主管部门或登记管理机关对交回和收缴的印章要登记造册，并于十日内送备案或批准刻制的公安机关。
预存与销毁
公安机关对交回和收缴的印章需预存两年，无特殊情况的，预存期满后予以销毁。
注销原公章
如果需要注销原公章，需要携带营业执照、法人身份证到工商局申请注销，并说明原因。然后找刻印公章的公司，携带工商局开的证明，刻印新的公章。拿到新的公章后，需要去工商局注册登记，新的公章方可具有法律效益。
建议：
在进行印章封存前，务必确认所有相关手续和文件齐全，并按照规定的流程进行操作。
如果印章遗失或损坏，应及时向有关部门报告并进行报废处理，以避免法律风险。