船员投诉处理程序如下：
投诉方式
船员可以通过现场、网络或其他方式向海事管理机构进行投诉，并填写提交相应的投诉表格。
投诉处理流程
中国籍海船：
如果投诉事项属于海事管理机构管理职责范围内，如船舶停泊在辖区港口，由负责受理的海事管理机构进行处理。
如果被投诉船舶停泊在其他海事管理机构辖区港口，受理投诉的海事管理机构会在3个工作日内进行转交，并告知投诉人负责处理的海事管理机构名称及联系方式。
外国籍船舶：
如果被投诉船舶停泊在受理投诉的海事管理机构辖区港口，由负责受理投诉的海事管理机构进行处理。
如果被投诉船舶停泊在其他海事管理机构辖区港口，受理投诉的海事管理机构会在3个工作日内进行转交，并告知投诉人负责处置的海事管理机构名称及联系方式。
投诉处理时限
海事管理机构在接到投诉后，会根据具体情况决定是否需要登轮检查。
如果需要登轮检查，初步调查阶段将在一定时间内完成，海事执法人员将检查船舶的相关证书和文件，了解船舶符合海事劳工公约标准的基本情况，并通过访谈相关人员了解投诉事实。
投诉处理结果
如果在海事管理机构的行动后，投诉问题未能得到解决，负责处理的海事管理机构会将调查报告及船旗国政府回复一并报送国际劳工组织总干事，同时通知中国船东协会和中国海员建设工会。
保密要求
受理和处理投诉的海事管理机构应为投诉人保密，不得向无关人员泄露投诉事项、人员姓名等相关信息。
其他途径
对于涉及欠薪、劳动合同、劳务纠纷等不属于海事管理机构职责范围内的投诉，受理投诉的海事管理机构会告知投诉人向船东所在地的地方人力资源社会保障行政部门进行投诉。
建议船员在遇到问题时，首先通过内部渠道如向部门长或船长投诉，如果内部无法解决，再向海事管理机构或地方人力资源社会保障行政部门投诉，以确保自身权益得到及时有效的维护。